من بين أهداف مؤسسات الإتحاد الأفريقي الأساسية هي تسريع وتسهيل الإندماج السياسي والإجتماعي الاقتصادي للقارة، وذلك لتعزيز مواقف أفريقيا المشتركة بشأن القضايا التي تهم القارة وشعوبها، تحقيقاً للسلام والأمن؛ ومساندةً للديموقراطية وحقوق الإنسان.
يتكون الإتحاد الأفريقي من جزءان أحدهما سياسي والأخر إداري. ويعرف أكبر صانع للقرارات في الإتحاد الأفريقي بالجمعية العامة، التي تتألف من رؤساء الدول الأعضاء أو ممثلي حكوماتها. يرئس حالياً الجمعية العامة الزعيم الليبي معمر القذافي، الذي تم انتخابه في الإجتماع نصف السنوي العاشر للجمعية العامة في يناير 2009 لدى الإتحاد الأفريقي هيئة تمثيلية، أيضاً، فيما يعرف بالبرلمان الأفريقي (برلمان عموم أفريقيا)؛ الذي يتألف من 265 عضواً ينتخبون من قبل البرلمانات الوطنية للدول الأعضاء والذي يرأسه إدريس موسى.
يوجد أيضاً لدى الإتحاد الأفريقي مؤسسات سياسية أخرى، مثل المجلس التنفيذي والذي يضم وزراء خارجية الدول الأعضاء، ومن المهام الرئيسية للمجلس تهئية القرارات لتمريرها للجمعية العامة والهيئة التمثيلية للإتحاد التي تضم سفراء الدول الأعضاء في أديس أبابا. يوجد أيضاً المجلس الإقتصادي والإجتماعي والثقافي (ECOSOCC) والذي يهتم بالناحية المدنية للدول.
ويرأس الغابوني جان بينغ لجنة الإتحاد الأفريقي حالياً؛ القائمة لأعمال الهيكلة السياسية في الإتحاد.
وتعتبر مدينة أديس أبابا في إثيوبيا هي العاصمة الإدارية والرئيسية للإتحاد الأفريقي، حيث يقع فيها المقر الرئيسي للجنة الإتحاد الأفريقي. ويستضيف عدداً أخر من أعضاء المجلس العديد من الهياكل الأخرى، فعلى سبيل المثال بانجول، يوجد بها المقر الرئيسي للجنة الأفريقية لحقوق الإنسان وحقوق الشعوب. وغامبيا التي تستضيف أمانتي آلية مراجعة النظراء الأفريقية و الشراكة الجديدة من أجل تنمية أفريقيا. فضلاً عن البرلمان الأفريقي والذي يقع في مدينة ميدراند الجنوب أفريقية.
يضم الإتحاد الأفريقي جميع دول القارة كأعضاء،[4]، بإستثناء المغرب، التي عارضت عضوية الصحراء الغربية بإعتبارها الجمهورية العربية الصحراوية الديمقراطية. ومع ذلك، للمغرب وضعاً خاصاً داخل الإتحاد الأفريقي، من ناحية الاستفادة من الخدمات المتاحة لجميع أعضاء الإتحاد الأفريقي من المؤسسات التابعة له، مثل مصرف التنمية الأفريقي. ويشارك المندوبون المغربيون أيضاً، في وظائف الإتحاد المهمة. ويعملون أيضاً على مواصلة المفاوضات في محاولة لحل النزاع القائم مع جبهة البوليساريو في تندوف والجزائر وأجزاء من الصحراء الغربية.
قام الإتحاد الأفريقي بأول تدخل عسكري له في دولة عضو في مايو 2003، حيث نشر قوة لحفظ السلام من جنوب أفريقيا وإثيوبيا وموزمبيق إلى بوروندي للإشراف على تنفيذ العديد من الإتفاقات العسكرية المختلفة هناك. كما نشر أيضاً الإتحاد قواتاً لحفظ السلام في السودان في صراع دارفور، وذلك قبل تسلم الأمم المتحدة تلك المهمة في 1 يناير 2008. أيضاً، قام الإتحاد بنشر قوات حفظ سلام من أوغندا وبوروندي في الصومال.
إعتمد الإتحاد الأفريقي عدداً من الوثائق الهامة والتي ترسي معايير جديدة على صعيد القارة السوداء، وذلك لتكلمة الوثائق المعمول بها بالفعل عند إنشائها. وتشمل اتفاقية الإتحاد الأفريقي لمنع ومكافحة الفساد (2003) والميثاق الأفريقي للديمقراطية والانتخابات والحكم (2007)، فضلا عن الشراكة الجديدة من أجل تنمية أفريقيا (NEPAD) وما يرتبط بها من الإعلان حول الديمقراطية والسياسية والاقتصادية وحوكمة الشركات